1989年8月28日，为加强学校廉政建设，认真抓好监察和审计工作，校务会议研究决定成立监察审计处。1993年2月28日，学校党政联席会议决定，监察审计处与校纪律检查委员会合署办公，其中审计工作划归校长办公室管理。2020年5月18日，学校发布《中共云南师范大学委员会处级机构改革设置实施方案》，审计职能从监察审计处分立，独立设置审计职能部门。2020年7月26日，学校正式独立设置审计处，现有专职审计人员5人，是负责学校内部审计工作的职能部门，对学校及所属单位的财政财务收支、经济活动、内部控制、风险管理实施独立、客观的监督、评价和建议，以促进办学效益，实现学校建设发展目标。